菏泽汽车站站内经营车辆经过近几年来的更新发展，大中小、高中普车型俱全，既有发往济南、郑州、济宁、曹县等地的高速豪华客车，又有发往北京、上海、宁波、温州、烟台、威海等地的远距离高级卧铺客车，同时在高客班线上，配备了训练有素高客乘务员，旅途中给旅客提供优质的“航空式”服务。

2003年，菏泽汽车总站加强了站容站貌建设和基础服务配套设施的完善工作，在上级领导的支持下，先后对候车厅、停发车场等实施了大规模的装修改造，使菏泽汽车总站不论是停发车场，还是发车位、候车区，服务空间均比原来扩充了一倍以上，为旅客创造了一流的乘候车环境，为全面接纳吸引社会车辆进站经营创造了良好的客观条件。改造后的总站实行智能化、信息化、现代化服务，不仅安装了大型电子显示系统、立体声中英文双语自动播音系统、计算机售票系统、条码检票系统、电子监控系统、安检机、人体健康自动测温仪，而且迎门服务、旅客咨询、电话垂询、行包托运、行李寄存、小件快递等服务功能一应俱全。从运行计划到车辆调度，从线路管理到票价调整，从检票售票到行包托运，从路单处理到运费结算都由功能强大的计算机系统进行处理，管理与服务真正实现了系统化、程序化、标准化。